Al mismo tiempo, la vida religiosa era intensa, con dos parroquias y establecimientos monásticos que siguieron creciendo con el tiempo.
Bastión de la región de Auxois, Semur fue fiel a los duques de Borgoña, hasta el punto de oponerse a la autoridad real. Pagó un alto precio por esta posición cuando las tropas de Luis XI invadieron la ciudad en 1478.
En 1589, Semur vivió su último asedio. Durante las guerras de la Liga, la ciudad fue sometida por el mariscal de Tavannes. Enrique IV ordenó el desmantelamiento de las fortificaciones en 1602.
La ciudad pierde su papel defensivo y se convierte en la capital del baillage de Auxois, con todas las prerrogativas que ello conlleva (presidio, depósito de sal, etc.).

La influencia de la ciudad fue innegable en el plano político, religioso y económico; estos tres polos de la sociedad estigmatizaron la zona y son claramente visibles en los edificios de la ciudad, con su barrio de bellas residencias, su colegiata y sus pequeñas propiedades que se aferran a las curvas escarpadas y armoniosas del promontorio de granito y florecen en torno a las orillas del Armançon.

Debajo de las dos puertas hay una estatua policromada de Santa Ana enseñando a la Virgen. Situada a la entrada de la ciudad, debía proteger a los habitantes de Semur de la peste, y la tradición cuenta que todos los cabezas de familia debían acudir a rezar a Santa Ana para evitar que la peste entrara en la ciudad. Sin embargo, esto no impidió varios brotes de peste, algunos de los cuales causaron grandes estragos, como el de 1586.

En la bóveda entre las dos puertas se puede ver el "lema" de los Semurois ("les Semurois se plaisent fort en l'accointance des estrangers"), tomado de la Cosmographie Universelle de F. de BELLEFOREST en 1575.

a continuación pasamos bajo la Puerta Guiller, que era la entrada más importante de la ciudad antes de la construcción de la Puerta Sauvigny. Debe su nombre a un acaudalado burgués que vivía en Semur a principios del siglo XV y que ya era conocido con este nombre en 1411.
El edificio muestra cierta austeridad, siendo la única ornamentación las ventanas geminadas con columnillas esculpidas que sostienen dinteles trilobulados y las cabezas de apoyo de cada piso.

El Bourg Notre-Dame, construido alrededor de la iglesia, era el barrio de los clérigos y la burguesía, y también albergaba a los comerciantes.
Era un barrio rico si nos fijamos en los edificios.
De hecho, las casas son de hermosa piedra labrada que data del Renacimiento y del siglo XVIII, y las buhardillas artísticamente trabajadas varían de una casa a otra. Algunos edificios conservan notables gárgolas.
El dintel de una puerta conserva la inscripción: "Endurer et espérer. 1577 ".

Llegamos ante casas con entramado de madera. Están hechas de cob (una mezcla de paja y tierra) y vigas de madera que descansan sobre ménsulas de madera, como en la casa nº 26, o de piedra, como en la casa nº 28. En Semur quedan pocas casas con entramado de madera, ya que en 1593 un terrible incendio destruyó 270 casas.

A la derecha se encuentra el "Logis du Roi" (Alojamiento del Rey), llamado así porque, según la tradición, el rey Enrique IV pasó aquí una noche durante su visita a Semur en 1602, cuya fecha está grabada sobre la puerta.
En 1561, este edificio se utilizó como auditorio para impartir justicia y fue ocupado sucesivamente por el bailliage, el tribunal presidencial erigido en 1696, el tribunal de distrito y, hasta 1844, el tribunal de primera instancia. El edificio ha sufrido considerables reformas a lo largo de los años, y su fachada apenas conserva vestigios de su arquitectura original.

A medida que se avanza, se descubre que las calles eran estrechas y sinuosas, siguiendo la línea de las fortificaciones de la ciudad. Sólo había dos plazas, lo que permitía a las calles encontrar sus puntos de unión, por lo que estamos ante un plano radio concéntrico. Como su nombre indica, esta plaza se utilizaba para los mercados, como enlace entre la ciudad y la Torre del Homenaje, y era un lugar ideal para el comercio. A lo largo de la plaza, encontrará algunas fachadas hermosas, en particular la nº 42, con sus bellas puertas de patas rectas achaflanadas, y la nº 14, con su remate de ventana moldurado. Un poco más abajo, se encuentra la puerta del antiguo Parlamento. Los miembros del Parlamento se refugiaron en Semur en varias ocasiones durante periodos de agitación e inestabilidad política, como en 1592, 1637 y 1692, lo que explica la presencia de un taller monetario en 1593-1594

Detrás se encuentra la torre de la prisión, antiguamente conocida como la Torre del Alfiler, la torre más pequeña del complejo.
Cuando la Torre del Homenaje perdió su función defensiva, esta torre se convirtió en prisión hasta 1860. Por este motivo, aún se conserva una parte del muro cortina que sirve de alojamiento a los guardias.

Detrás del teatro se encuentra la Torre Margot. Antiguo almacén de sal de la bailía de Auxois, servía también de depósito para la artillería de la Torre del Homenaje. Esta torre se utiliza actualmente como tienda de decorados para el teatro.

Frente a ella se encuentra la torre de la Gehenna, que en la Biblia significa Infierno o tortura. También era el almacén de sal de la bailía de Auxois, y se pueden ver las marcas dejadas por la sal en las paredes.

Todas las torres estaban cubiertas, aunque había un sistema de almenas sobresaliendo de ellas. Cada torre constaba de cuatro niveles, el último de los cuales estaba perforado por grandes aberturas que permitían la instalación de zancos.

Esta calle debe su nombre a un jurisconsulto de Semurois nacido en 1583, que escribió un "Traité de l'Abus" (Tratado del abuso) en el que explicaba el predominio del soberano secular sobre el Papa. La calle está flanqueada por finas ventanas de piedra, un hermoso nicho con un dosel esculpido, buhardillas finamente talladas y puertas de entrada de carruajes que conducen a los patios de mansiones privadas.

Data de los siglos XIV y XV. Durante la Revolución Francesa sufrió grandes daños, como demuestran los bajorrelieves que decoran las enjutas, que fueron arrancados a martillazos, y las estatuas de santos de los arcos, que han desaparecido todas menos seis. Sólo se conserva la cabeza de la estatua de la Virgen con las Uvas, que adorna el sobremantel, y que fue sustituida por otra estatua en el siglo pasado. Bajo el sobremantel hay un dromedario, al lado del cual hay un elefante, estos animales exóticos son una especie de firma de compañía. También hay una escena de caza y animales mitológicos como el basilisco y diversas figuras en los laterales de las puertas.

Una verja cerraba el patio, instalada en 1729 por iniciativa del abad Morel para evitar actos vandálicos. Aún se pueden ver las bisagras que dejó Viollet-le-Duc cuando hizo retirar la verja durante la restauración de la iglesia.

Entrando en la nave, hay que señalar que los tres últimos tramos datan de finales del siglo XIV, cuando la iglesia comenzaba en la puerta del claustro.
Este pequeño claustro daba acceso al priorato donde vivía una pequeña comunidad de monjes benedictinos.

Se llega a la primera capilla, de estilo gótico temprano e injertada con ornamentación renacentista.
La sacristía presenta paneles de roble del siglo XVIII con retratos de los cuatro Evangelistas y los cuatro Doctores de la Iglesia (santos León, Agustín, Jerónimo y Ambrosio).